More actions
Bot: Automatski unos stranica |
m Bot: Automatska zamjena teksta (-{{cite web +{{Citiranje web) |
||
Redak 1: | Redak 1: | ||
<!--'''Sekvenciranje DNK'''-->'''Sekvenciranje DNK''' je proces određivanja točnog poretka (sekvencije, niza) [[nukleotid|nukleotida]] u molekuli [[DNK]]. U [[sekvenciranje]] ubrajamo svaku metodu ili tehniku kojom se služimo radi određivanja poretka četiriju baza: [[purin|purinskih]] [[adenin|adenina]], [[gvanin|gvanina]] i [[pirimidin|pirimidinskih]] [[citozin|citozina]] i [[timin|timina]] u lancu DNK.<ref name="sumfak">{{ | <!--'''Sekvenciranje DNK'''-->'''Sekvenciranje DNK''' je proces određivanja točnog poretka (sekvencije, niza) [[nukleotid|nukleotida]] u molekuli [[DNK]]. U [[sekvenciranje]] ubrajamo svaku metodu ili tehniku kojom se služimo radi određivanja poretka četiriju baza: [[purin|purinskih]] [[adenin|adenina]], [[gvanin|gvanina]] i [[pirimidin|pirimidinskih]] [[citozin|citozina]] i [[timin|timina]] u lancu DNK.<ref name="sumfak">{{Citiranje web|title=DNK|url=http://www.sumfak.unizg.hr/Upload/Oglasna%20ploca/Sumarska%20genetika/Dna%20i%20ostalo.pdf|work=Šumarska genetika|publisher=Šumarski fakultet u Zagrebu|accessdate=29. prosinca 2014.}}</ref> Pojavom metoda sekvenciranja DNK ubrzana su biološka i medicinska istraživanja i otkrića. | ||
Prve sekvencije DNK dobivene su ranih 1970-ih. Akademski istraživači došli su do njih uporabom metoda temeljenih na [[dvodimenzijska kromatografija|dvodimenzijskoj kromatografiji]]. Razvitkom metoda temeljenih na [[fluorescencija|fluorescenciji]] s [[DNK sekvenator|automatiziranom analizom]],<ref name=olsvik1993>{{cite journal | author = Olsvik O, Wahlberg J, Petterson B, Uhlén M, Popovic T, Wachsmuth IK, Fields PI | title = Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae O1 strains | journal = [[J. Clin. Microbiol.]] | volume = 31 | issue = 1 | pages = 22–25 | date = siječanj 1993. | pmid = 7678018 | pmc = 262614 | url = http://jcm.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7678018 }}</ref> sekvenciranje DNK postalo je lakše i brže.<ref name="pmid18992322">{{cite journal | author = Pettersson E, Lundeberg J, Ahmadian A | title = Generations of sequencing technologies | journal = Genomics | volume = 93 | issue = 2 | pages = 105–11 | date = veljača 2009. | pmid = 18992322 | doi = 10.1016/j.ygeno.2008.10.003 }}</ref> | Prve sekvencije DNK dobivene su ranih 1970-ih. Akademski istraživači došli su do njih uporabom metoda temeljenih na [[dvodimenzijska kromatografija|dvodimenzijskoj kromatografiji]]. Razvitkom metoda temeljenih na [[fluorescencija|fluorescenciji]] s [[DNK sekvenator|automatiziranom analizom]],<ref name=olsvik1993>{{cite journal | author = Olsvik O, Wahlberg J, Petterson B, Uhlén M, Popovic T, Wachsmuth IK, Fields PI | title = Use of automated sequencing of polymerase chain reaction-generated amplicons to identify three types of cholera toxin subunit B in Vibrio cholerae O1 strains | journal = [[J. Clin. Microbiol.]] | volume = 31 | issue = 1 | pages = 22–25 | date = siječanj 1993. | pmid = 7678018 | pmc = 262614 | url = http://jcm.asm.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=7678018 }}</ref> sekvenciranje DNK postalo je lakše i brže.<ref name="pmid18992322">{{cite journal | author = Pettersson E, Lundeberg J, Ahmadian A | title = Generations of sequencing technologies | journal = Genomics | volume = 93 | issue = 2 | pages = 105–11 | date = veljača 2009. | pmid = 18992322 | doi = 10.1016/j.ygeno.2008.10.003 }}</ref> | ||
Redak 6: | Redak 6: | ||
Sekvenciranje RNK bio je jedan od najranijih oblika sekvenciranja nukleotida. Veliki miljokaz u sekvenciranju RNK je sekvencija prvog kompletnog gena i potpunog genoma [[bakteriofag MS2|bakteriofaga MS2]], kojeg je identificirao i objavio [[Walter Fiers]] i njegovi suradnici s [[Sveučilište u Gentu|Sveučilišta]] u [[Gent|Gentu]] u Belgiji 1972. godine<ref>{{cite journal | author = Min Jou W, Haegeman G, Ysebaert M, Fiers W | title = Nucleotide sequence of the gene coding for the bacteriophage MS2 coat protein | journal = Nature | volume = 237 | issue = 5350 | pages = 82–8 | date = May 1972 | pmid = 4555447 | doi = 10.1038/237082a0 | bibcode = 1972Natur.237...82J }}</ref> i 1976.<ref>{{cite journal | author = Fiers W, Contreras R, Duerinck F, Haegeman G, Iserentant D, Merregaert J, Min Jou W, Molemans F, Raeymaekers A, Van den Berghe A, Volckaert G, Ysebaert M | title = Complete nucleotide sequence of bacteriophage MS2 RNA: primary and secondary structure of the replicase gene | journal = Nature | volume = 260 | issue = 5551 | pages = 500–7 | date = travanj 1976. | pmid = 1264203 | doi = 10.1038/260500a0 | bibcode = 1976Natur.260..500F }}</ref> | Sekvenciranje RNK bio je jedan od najranijih oblika sekvenciranja nukleotida. Veliki miljokaz u sekvenciranju RNK je sekvencija prvog kompletnog gena i potpunog genoma [[bakteriofag MS2|bakteriofaga MS2]], kojeg je identificirao i objavio [[Walter Fiers]] i njegovi suradnici s [[Sveučilište u Gentu|Sveučilišta]] u [[Gent|Gentu]] u Belgiji 1972. godine<ref>{{cite journal | author = Min Jou W, Haegeman G, Ysebaert M, Fiers W | title = Nucleotide sequence of the gene coding for the bacteriophage MS2 coat protein | journal = Nature | volume = 237 | issue = 5350 | pages = 82–8 | date = May 1972 | pmid = 4555447 | doi = 10.1038/237082a0 | bibcode = 1972Natur.237...82J }}</ref> i 1976.<ref>{{cite journal | author = Fiers W, Contreras R, Duerinck F, Haegeman G, Iserentant D, Merregaert J, Min Jou W, Molemans F, Raeymaekers A, Van den Berghe A, Volckaert G, Ysebaert M | title = Complete nucleotide sequence of bacteriophage MS2 RNA: primary and secondary structure of the replicase gene | journal = Nature | volume = 260 | issue = 5551 | pages = 500–7 | date = travanj 1976. | pmid = 1264203 | doi = 10.1038/260500a0 | bibcode = 1976Natur.260..500F }}</ref> | ||
Prva metoda određivanja sekvencija DNK sadržavala je strategiju ekstenzije lokacijski specifičnih [[početnica (molekularna biologija)|početnica]] koju je osnovao [[Ray Wu]] sa [[Sveučilište Cornell|Sveučilišta Cornell]] 1970. godine<ref>{{ | Prva metoda određivanja sekvencija DNK sadržavala je strategiju ekstenzije lokacijski specifičnih [[početnica (molekularna biologija)|početnica]] koju je osnovao [[Ray Wu]] sa [[Sveučilište Cornell|Sveučilišta Cornell]] 1970. godine<ref>{{Citiranje web|title=Faculty - Department of Molecular Biology and Genetics|url=http://mbg.cornell.edu/faculty-staff/faculty/wu.cfm|publisher=Cornell University}}</ref> Kataliza DNK polimeraze i označavanje specifičnih nukleotida primjenjivali su se radi sekvenciranja kohezivnih krajeva lambda faga DNK<ref>{{cite journal|last=PADMANABHAN|first=R|author2=Ray Wu |author3=Ernest Jay |title=Chemical Synthesis of a Primer and Its Use in the Sequence Analysis of the Lysozyme Gene of Bacteriophage T4|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|date=June 1974|volume=71|issue=6|pages=2510–2514|accessdate=7. svibnja 2014.|doi=10.1073/pnas.71.6.2510}}</ref><ref>{{cite journal | author = Onaga LA | title = Ray Wu as Fifth Business: Demonstrating Collective Memory in the History of DNA Sequencing | journal = Studies in the History and Philosophy of Science | volume = 46 | pages = 1–14 | date = lipanj 2014. | pmid = 24565976 | doi = 10.1016/j.shpsc.2013.12.006 | url = http://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S136984861400003X | series = Part C | accessdate = 7. svibnja 2014. }}</ref><ref>{{cite journal|last=Wu|first=Ray|title=Nucleotide Sequence Analysis of DNA|journal=Nature|date=19. travnja 1972.|pages=198–200|doi=10.1038/newbio236198a0|url=http://www.nature.com/nature-newbio/journal/v236/n68/abs/newbio236198a0.html|accessdate=7 May 2014|volume=236|issue=68}}</ref> Između 1970. i 1973. Wu, R Padmanabhan i kolege demonstrirali su da se može primijeniti ovu metodu kod determiniranja svake sekvencije DNK služeći se početnicama specifičnim za pojedinu lokaciju.<ref>{{cite journal|last=Padmanabhan|first=R|author2=Ray Wu|title=Use of oligonucleotides of defined sequences as primers in DNA sequence analysis|journal=Biochemical and Biophysical Research|date=1972.|volume=48|series=1295–1302|accessdate=7. svibnja 2014.}}</ref><ref>{{Citiranje web|title=Faculty _ Department of Molecular Biology and Genetics|url=http://mbg.cornell.edu/faculty-staff/faculty/wu.cfm|publisher=Cornell|accessdate=7. svibnja 2014.}}</ref><ref>{{cite journal|last=Wu|first=R|author2=Padmanabhan|title=R|journal=Biochemical and Biophysics Research|date=1973.|volume=55|pages=1092–1098|accessdate=7. svibnja 2014.}}</ref><ref>{{cite journal | author = Jay E, Bambara R, Padmanabhan R, Wu R | title = DNA sequence analysis: a general, simple and rapid method for sequencing large oligodeoxyribonucleotide fragments by mapping | journal = Nucleic Acids Research | volume = 1 | pages = 331–353 | date = ožujak 1974. | pmid = 10793670 | pmc = 344020 | doi = 10.1093/nar/1.3.331 | accessdate = 7. svibnja 2013. }}</ref> [[Frederick Sanger]] je tad usvojio ovu strategiju ekstenzije početnice radi razvijanja još bržih metoda sekvenciranja DNK u [[Medical Research Council (Ujedinjeno Kraljevstvo)|Centru MRC]], [[Cambridge]], UK i objavio [[Sangerova metoda sekvenciranja|metodu]] za "sekvenciranje DNK s inhibitorima terminiranja lanca" 1977. godine.<ref name="Sanger1977">{{cite journal | author = Sanger F, Nicklen S, Coulson AR | title = DNA sequencing with chain-terminating inhibitors | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 74 | issue = 12 | pages = 5463–7 | date = prosinac 1977. | pmid = 271968 | pmc = 431765 | doi = 10.1073/pnas.74.12.5463 | bibcode = 1977PNAS...74.5463S }}</ref> [[Walter Gilbert]] i [[Allan Maxam]] sa sveučilišta [[Sveučilište Harvard|Harvard]] također su razvili [[Maxam-Gilbertova metoda sekvenciranja|metode sekvenciranja]], uključujući onu za "sekvenciranje DNK kemijskom degradacijom".<ref name=Maxam77>{{cite journal | author = Maxam AM, Gilbert W | title = A new method for sequencing DNA | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 74 | issue = 2 | pages = 560–4 | date = veljača 1977. | pmid = 265521 | pmc = 392330 | doi = 10.1073/pnas.74.2.560 | bibcode = 1977PNAS...74..560M }}</ref><ref>Gilbert, W. [http://nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1980/gilbert-lecture.pdf DNA sequencing and gene structure]. Nobel lecture, 8. prosinca 1980.</ref> Godine 1973. Gilbert i Maxam izvijestili su o nizu 24 [[bazni par|bazna para]] služeći se metodom znanom kao analiza lutajuće točke.<ref>{{cite journal | author = Gilbert W, Maxam A | title = The Nucleotide Sequence of the lac Operator | journal = Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. | volume = 70 | issue = 12 | pages = 3581–4 | date = prosinac 1973. | pmid = 4587255 | pmc = 427284 | doi = 10.1073/pnas.70.12.3581 | bibcode = 1973PNAS...70.3581G }}</ref> Napredovanje u sekvenciranju pripomoglo je razvijanje tehnologije [[rekombinantna DNK|rekombinantne DNK]], dopuštajući uzorcima DNK da budu izolirani i od drugih izvora, a ne samo virusa. | ||
Za rad na biokemiji nukleinskih kiselina [[Walter Gilbert]], [[Frederick Sanger]] i [[Paul Berg]] dobili su [[Nobelova nagrada za kemiju|Nobelovu nagradu]] za kemiju 1980. godine.<ref>[http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1980/ Nobelova nagrada za kemiju 1980.]</ref> | Za rad na biokemiji nukleinskih kiselina [[Walter Gilbert]], [[Frederick Sanger]] i [[Paul Berg]] dobili su [[Nobelova nagrada za kemiju|Nobelovu nagradu]] za kemiju 1980. godine.<ref>[http://www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1980/ Nobelova nagrada za kemiju 1980.]</ref> |
Inačica od 8. prosinac 2021. u 07:10
Sekvenciranje DNK je proces određivanja točnog poretka (sekvencije, niza) nukleotida u molekuli DNK. U sekvenciranje ubrajamo svaku metodu ili tehniku kojom se služimo radi određivanja poretka četiriju baza: purinskih adenina, gvanina i pirimidinskih citozina i timina u lancu DNK.[1] Pojavom metoda sekvenciranja DNK ubrzana su biološka i medicinska istraživanja i otkrića.
Prve sekvencije DNK dobivene su ranih 1970-ih. Akademski istraživači došli su do njih uporabom metoda temeljenih na dvodimenzijskoj kromatografiji. Razvitkom metoda temeljenih na fluorescenciji s automatiziranom analizom,[2] sekvenciranje DNK postalo je lakše i brže.[3]
Premda je još 1953. ustvrđeno da je DNK strukturnog oblika dvostruke uzvojnice,[4] prošla su desetljeća prije nego se moglo pouzdano laboratorijski analizirati nizove u fragmentima DNK. Sekvenciranje RNK bio je jedan od najranijih oblika sekvenciranja nukleotida. Veliki miljokaz u sekvenciranju RNK je sekvencija prvog kompletnog gena i potpunog genoma bakteriofaga MS2, kojeg je identificirao i objavio Walter Fiers i njegovi suradnici s Sveučilišta u Gentu u Belgiji 1972. godine[5] i 1976.[6]
Prva metoda određivanja sekvencija DNK sadržavala je strategiju ekstenzije lokacijski specifičnih početnica koju je osnovao Ray Wu sa Sveučilišta Cornell 1970. godine[7] Kataliza DNK polimeraze i označavanje specifičnih nukleotida primjenjivali su se radi sekvenciranja kohezivnih krajeva lambda faga DNK[8][9][10] Između 1970. i 1973. Wu, R Padmanabhan i kolege demonstrirali su da se može primijeniti ovu metodu kod determiniranja svake sekvencije DNK služeći se početnicama specifičnim za pojedinu lokaciju.[11][12][13][14] Frederick Sanger je tad usvojio ovu strategiju ekstenzije početnice radi razvijanja još bržih metoda sekvenciranja DNK u Centru MRC, Cambridge, UK i objavio metodu za "sekvenciranje DNK s inhibitorima terminiranja lanca" 1977. godine.[15] Walter Gilbert i Allan Maxam sa sveučilišta Harvard također su razvili metode sekvenciranja, uključujući onu za "sekvenciranje DNK kemijskom degradacijom".[16][17] Godine 1973. Gilbert i Maxam izvijestili su o nizu 24 bazna para služeći se metodom znanom kao analiza lutajuće točke.[18] Napredovanje u sekvenciranju pripomoglo je razvijanje tehnologije rekombinantne DNK, dopuštajući uzorcima DNK da budu izolirani i od drugih izvora, a ne samo virusa.
Za rad na biokemiji nukleinskih kiselina Walter Gilbert, Frederick Sanger i Paul Berg dobili su Nobelovu nagradu za kemiju 1980. godine.[19]
Referencije
- ↑ {{
- if:
Morate navesti naslov = i url = dok rabite {{[[Predložak:Citiranje web},|Citiranje web},
]]}},
- if:
]]}},
- if:
]]}},