Tijekom svoje vladavine car Karlo IV. se oslanjao na njemačke koloniste, što je izazvalo nezadovoljstvo domaćeg stanovništva. Na Praškom sveučilištu djelovao je profesor Jan Hus. U svojim javnim istupima Hus je zahtijevao siromaštvo Crkve, prevođenje Biblije na narodni jezik, te odbacio mnoge nauke Katoličke crkve. Kako se Češka Crkva nalazila u rukama njemačkih svećenika, Husovo je učenje u narodu, nezadovoljnom crkvenim učenjima i stanju moralnog rasula crkve, zadobilo velik broj pristaša.
Husovi su zahtjevi postali opasni Crkvi i caru. Zato je Jan Hus pozvan na crkveni sabor u Konstanzu kako bi obrazložio svoje stavove. Dobio je i pismeno jamstvo o osobnoj sigurnosti od njemačkog cara Žigmunda Luksemburškog. No, iako je očekivao da će moći izložiti svoje učenje, odmah po dolasku bio je uhićen, a potom spaljen na lomači.
Husova je smrt izazvala dugotrajne vjerske sukobe poznate pod imenom husitski ratovi. Papa i Žigmund organizirali su do 1431. nekoliko neuspjelih križarskih vojni protiv husita. Tada se Žigmund uspio nagoditi s husitima, pa su sukobi prestali.
Tek za vladanja Jurja Podjebradskog uređene su prilike u Češkoj. On se nije htio odreći učenja Jana Husa, pa je morao ratovati s ugarsko-hrvatskim kraljem Matijom Korvinom, kome su pomagali Nijemci. Nakon njegove smrti Češkom je zavladao poljsko-litvanski kraljević Vladislav Jagelović, koji se također sukobio s Matijom Korvinom i pri tome izgubio Moravsku, Šlesku i Lužicu. Po smrti Matije Korvina, Vladislav je okrunjen za ugarsko-hrvatskog kralja kao Vladislav II. Jagelović, pa je i Češka stupila u personalnu uniju s Ugarskom i Hrvatskom.