PubChem
PubChem je baza podataka kemijskih molekula i njihovih aktivnosti. Puštena je u pogon 2004. godine.[1] Održava ju Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI) koji je dio Nacionalne knjižnice medicine koja pripada Nacionalnim institutima zdravstva SAD (NIH). PubChem-u se može besplatno pristupiti preko mrežnog korisničkog sučelja. Milijuni struktura sastojaka i opisnih skupova podataka može se besplatno skinuti s ftp-a na adresi pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch-help.html. PubChem sadrži opise tvari i malih molekula koje su s manje od tisuću atoma i manje od tisuću kemijskih veza. Više od 80 opskrbljivača baza podataka prinose bazi podakat PubChemu.[2] PMID je 15879180. [3]
Projekt je imao problema od početka rada jer je predstavljao izravnog takmaca već postojećem servisu Američkog kemijskog društva (American Chemical Society) Chemical Abstracts Serviceu.[4] ACS je u ovom imao veliki interes, jer besplatni PubChem je ugrožavao Chemical Abstracts Service koji je ACS-u jedan od glavnih stvaratelja prihoda. Radi rješavanja ovog slučaja, ACS je aktivno lobirao u američkom kongresu. Malo poslije nego je stvoren PubChem, Američko kemijsko društvo lobiralo je u Kongresu SAD za ograničenje djelokruga PubChem, zbog toga što su dokazivali da konkurira njihovom Chemical Abstracts Serviceu.[5]
Sastavni dijelovi
PubChem se sastoji od triju dinamično rastućih primarnih baza podataka. Do 29. rujna 2014. to su:
- Compounds, 54 milijuna natuknica [6] (do 31 milijun natuknica siječnja 2011.), sadrži čiste i karakterizirane kemijske sastojke.[7]
- Substances, 163.5 million entries[8] (do 75 milijuna natuknica siječnja 2011.[9]), sadrži i smjese, ekstrakte, složene spojeve i nekarakterizirane tvari.
- BioAssay, rezultati biološke aktivnosti od 6059[10] (od 1644 siječnja 2011,[11]) programi za visokopropusno probiranje (high-throughput screening) s nekoliko milijuna jedinica.
Pretraživanje
Širok je izbor mogućnosti kojim se može pretraživati baze podataka, poput kemijske strukture, dijelova imena, kemijske formule, molekulske mase, particijskog koeficijenta (XLogP) i po broju davatelja i primatelja vodikove veze.
PubChem ima svoj vlastiti mrežni contains its own online molekulski uređivač sa SMILES/SMARTS-om i podrškom za međunarodni kemijski identifikator (InChi) kojim se omogućuje uvoz i izvoz svih poznatih formata kemijskih datoteka radi pretrage stuktura i fragmenata.
Svaki rezultat pretraživanja daje iinformaciju o istoznačnicama, kemijskim osobinama, kemijskoj strukturi uključujući i SMILES-ove i InChI-jeve stringove, biološku aktivnost te poveznice na sastojke koji su strukturno srodni i na druge baze NCBI-jeve baze podataka kao PubMed.
Vidi
- kemijska baza podataka
- Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI)
- Entrez
- PubMed
- GenBank
- Pravilo Lipinskoga
Bilješke
- ↑ . About PubChem ID: about_pubchem.
- ↑ . PubChem Source Information ID: pubchem_source_information.
- ↑ PMID 15879180
- ↑ Kaiser J (May 2005). Science resources. Chemists want NIH to curtail database, Science, 308(5723), 774 DOI: 10.1126/science.308.5723.774a; PMID 15879180.
- ↑ . PubChem and the American Chemical Society ID: pubchem_and_the_american_chemical_society.
- ↑ . Search Results for all compounds ID: search_results_for_all_compounds.
- ↑ . all[filt] - PubChem Compound Results ID: all_filt_93_pubchem_compound_results.
- ↑ . all[filt] - PubChem Substance Results ID: all_filt_93_pubchem_substance_results.
- ↑ . all[filt] - PubChem Substance Results ID: all_filt_93_pubchem_substance_results.
- ↑ . all[filt] - PubChem BioAssay Results ID: all_filt_93_pubchem_bioassay_results.
- ↑ . all[filt] - PubChem BioAssay Results ID: all_filt_93_pubchem_bioassay_results.