Estonija posjeduju 1.521 otok, 19 otoka je nastanjeno, najveći otok je Saaremaa. (Ovo nije potpun popis.)
Najveći otoci
| # | Ime | Površina (km2) | položaj |
|---|---|---|---|
| 1. | Saaremaa | 2671 | Zapadno estonski arhipelag |
| 2. | Hiiumaa | 989 | Zapadno estonski arhipelag |
| 3. | Muhu | 198 | Zapadno estonski arhipelag |
| 4. | Vormsi | 93 | Zapadno estonski arhipelag |
| 5. | Kassari | 19.3 | Zapadno estonski arhipelag1) |
| 6. | Naissaar | 18.6 | Finski zaljev |
| 7. | Kihnu | 16.4 | Riški zaljev |
| 8. | Väike-Pakri | 12.9 | Finski zaljev |
| 9. | Suur-Pakri | 11.6 | Finski zaljev |
| 10. | Ruhnu | 11.4 | Riški zaljev |
1) Kassari ponekad se smatra dijelom Hiiumaa.
A
Abruka - Adralaid - Aegna (Wulf) - Ahelaid - Aherahu (Atla) - Aherahu - Ahessäär - Ahtra - Aksi - Allirahu (Kõiguste) - Allirahu (Pihtla) (Väike-Prangli) - Allirahu - Allu - Alumine Vaika - Anekäbrud – Ankrurahu - Annilaid (Anõlaid) - Antsulaiud – Anulaid
E
Eerikukivi - Eerikulaid - Elmrahu - Esirahu
G
H
Hanemaa - Hanerahu - Hanikatsi laid - Hara - Harilaid, off Vormsi - Harilaid, off Saaremaa - Härjakare - Härjamaa - Heinlaid (Kõiguste laht) - Heinlaid (Väinameri) - Hellamaa rahu - Hiiumaa (Dagö) - Hobulaid - Hõralaid - Hülgelaid – Hülgerahu
I
J
K
Kadakalaid - Kaevatsi laid - Kahtla laid - Kajakarahu - Käkimaa - Käkirahu - Kakralaid - Kakrarahu - Karirahu - Kassari - Kasselaid - Keri (Kokskär) - Keskmine Vaika - Kesselaid - Kihnu (Kynö) - Kitselaid — Koerakuiv - Kõinastu — Koipsi - Kõrgelaid - Kõrksaar - Kõverlaid – Kreenholm - Kriimi laid - Kräsuli - Kuivarahu - Külalaid - Kullilaid - Kullipank - Kumari - Kungli - Kunnati laid - Kuradisäär - Kurgurahu
L
Laasirahu - Laidu – Läkumätas – Langekare - Leemetikare - Liia - Liisi - Liivakari - Linnusitamaa - Loonalaid - Luigerahu
M
Maakrirahu - Manilaid - Mardirahu - Maturahu – Mihklirahu – Mohni - Mondelaid - Muhu (Moon) - Munaderahu - Munasaar - Mustarahu - Mustpank - Mustpank (Vaika)
N
Nabralaid – Naissaar (Nargö) - Naistekivi maa - Ninalaid - Noogimaa – Nootamaa– Nosurahu
O
P
Paelaid - Pakri Islands (Rågöarna) - Pakulaid - Papilaid - Papirahu - Pasilaid - Pedassaar - Pihanasu – Pihlakare - Pihlalaid - Piirissaar - Pikknasv - Piskumadal – Põdvalaid - Põiksäär — Prangli (Vrangö) – Pühadekare - Puhtulaid - Puningalaid
R
Rammu - Rannasitik – Riinurahu – Ristlaid - Rohurahu - Rohusi saar - Rooglaid - Ruhnu (Runö) - Rukkirahu – Rusulaid
S
Saare ots - Saaremaa (Ösel) - Saarnaki laid - Salava - Sangelaid - Seasaar - Selglaid - Sepasitik – Sillalaid - Sipelgarahu - Sitakare - Sokulaid - Sõmeri — Sorgu - Suuregi laid – Suurepoldi – Suurlaid - Suur-Pakri (Västerö) - Suurrahu
T
Taguküla laid - Täkulaid – Täkunasv - Tarja - Tauksi - Telve - Tiirloo - Tondirahu - Tondisaar
U
Udrikulaid – Uhtju saar — Uhtju saared - Ülemine Vaika - Umalakotid - Umblu - Urverahu — Uus-Nootamaa
V
Vahase - Vahelmisrahu – Vaika saared - Väike-Tulpe - Väike-Pakri (Österö) - Vaindloo - Valgerahu - Vareslaid (Käina laht) - Vareslaid (Väinameri) - Varesrahu - Vasikalaid – Vesiloo - Vesitükimaa - Viirelaid - Vilsandi - Vissulaid - Vohilaid - Võilaid - Võrgukare - Vormsi (Ormsö)
| ||||||||||||||||||||