PubChem

Izvor: Hrvatska internetska enciklopedija
Inačica 230905 od 17. listopad 2021. u 10:58 koju je unio WikiSysop (razgovor | doprinosi) (Bot: Automatski unos stranica)
(razl) ←Starija inačica | vidi trenutačnu inačicu (razl) | Novija inačica→ (razl)
Prijeđi na navigaciju Prijeđi na pretraživanje
Logotip

PubChem je baza podataka kemijskih molekula i njihovih aktivnosti. Puštena je u pogon 2004. godine.[1] Održava ju Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI) koji je dio Nacionalne knjižnice medicine koja pripada Nacionalnim institutima zdravstva SAD (NIH). PubChem-u se može besplatno pristupiti preko mrežnog korisničkog sučelja. Milijuni struktura sastojaka i opisnih skupova podataka može se besplatno skinuti s ftp-a na adresi pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch-help.html. PubChem sadrži opise tvari i malih molekula koje su s manje od tisuću atoma i manje od tisuću kemijskih veza. Više od 80 opskrbljivača baza podataka prinose bazi podakat PubChemu.[2] PMID je 15879180. [3]

Projekt je imao problema od početka rada jer je predstavljao izravnog takmaca već postojećem servisu Američkog kemijskog društva (American Chemical Society) Chemical Abstracts Serviceu.[4] ACS je u ovom imao veliki interes, jer besplatni PubChem je ugrožavao Chemical Abstracts Service koji je ACS-u jedan od glavnih stvaratelja prihoda. Radi rješavanja ovog slučaja, ACS je aktivno lobirao u američkom kongresu. Malo poslije nego je stvoren PubChem, Američko kemijsko društvo lobiralo je u Kongresu SAD za ograničenje djelokruga PubChem, zbog toga što su dokazivali da konkurira njihovom Chemical Abstracts Serviceu.[5]

Sastavni dijelovi

PubChem se sastoji od triju dinamično rastućih primarnih baza podataka. Do 29. rujna 2014. to su:

  • Compounds, 54 milijuna natuknica [6] (do 31 milijun natuknica siječnja 2011.), sadrži čiste i karakterizirane kemijske sastojke.[7]
  • Substances, 163.5 million entries[8] (do 75 milijuna natuknica siječnja 2011.[9]), sadrži i smjese, ekstrakte, složene spojeve i nekarakterizirane tvari.
  • BioAssay, rezultati biološke aktivnosti od 6059[10] (od 1644 siječnja 2011,[11]) programi za visokopropusno probiranje (high-throughput screening) s nekoliko milijuna jedinica.

Pretraživanje

Širok je izbor mogućnosti kojim se može pretraživati baze podataka, poput kemijske strukture, dijelova imena, kemijske formule, molekulske mase, particijskog koeficijenta (XLogP) i po broju davatelja i primatelja vodikove veze.

PubChem ima svoj vlastiti mrežni contains its own online molekulski uređivač sa SMILES/SMARTS-om i podrškom za međunarodni kemijski identifikator (InChi) kojim se omogućuje uvoz i izvoz svih poznatih formata kemijskih datoteka radi pretrage stuktura i fragmenata.

Svaki rezultat pretraživanja daje iinformaciju o istoznačnicama, kemijskim osobinama, kemijskoj strukturi uključujući i SMILES-ove i InChI-jeve stringove, biološku aktivnost te poveznice na sastojke koji su strukturno srodni i na druge baze NCBI-jeve baze podataka kao PubMed.

Vidi

Bilješke

  1. ↑ "About PubChem". https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/about.html Pristupljeno 3. svibnja 2014. 
  2. ↑ "PubChem Source Information". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/sources/sources.cgi 
  3. ↑ PMID 15879180
  4. ↑ Kaiser J (svibanj 2005). "Science resources. Chemists want NIH to curtail database". Science 308 (5723): 774. doi:10.1126/science.308.5723.774a. PMID 15879180 
  5. ↑ "PubChem and the American Chemical Society". Reshaping Scholarly Communication. USA: University of California. http://osc.universityofcalifornia.edu/news/acs_pubchem.html 
  6. ↑ "Search Results for all compounds". http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search Pristupljeno 29. rujna 2014. 
  7. ↑ "all[filt] - PubChem Compound Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pccompound Pristupljeno 7. siječnja 2011. 
  8. ↑ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance Pristupljeno 29. rujna 2014. 
  9. ↑ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance Pristupljeno 7. siječnja 2011. 
  10. ↑ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay Pristupljeno 29. rujna 2014. 
  11. ↑ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay Pristupljeno 7. siječnja 2011. 

Vanjske poveznice

Dobavljeno iz "https://enciklopedija.cc/index.php?title=PubChem&oldid=230905"