PubChem: razlika između inačica

Izvor: Hrvatska internetska enciklopedija
Prijeđi na navigaciju Prijeđi na pretraživanje
Novija izmjena →
Bot: Automatski unos stranica
 
m Bot: Automatska zamjena teksta (-{{Cite web +{{Citiranje weba)
Redak 3: Redak 3:
'''PubChem''' je [[baza podataka]] [[kemija|kemijskih]] [[molekula]] i njihovih aktivnosti.  
'''PubChem''' je [[baza podataka]] [[kemija|kemijskih]] [[molekula]] i njihovih aktivnosti.  
Puštena je u pogon 2004. godine.<ref>{{cite web|url=https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/about.html|title=About PubChem|accessdate=3. svibnja 2014.}}</ref>
Puštena je u pogon 2004. godine.<ref>{{cite web|url=https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/about.html|title=About PubChem|accessdate=3. svibnja 2014.}}</ref>
Održava ju [[Nacionalni centar za biotehnološke informacije]] (NCBI) koji je dio [[Nacionalna knjižnica medicine SAD|Nacionalne knjižnice medicine]] koja pripada [[Nacionalni instituti zdravstva|Nacionalnim institutima zdravstva SAD]] (NIH). PubChem-u se može [[javno dobro|besplatno]] pristupiti preko [[korisničko sučelje|mrežnog korisničkog sučelja]]. Milijuni struktura sastojaka i opisnih skupova podataka može se besplatno skinuti s [[ftp]]-a na adresi [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch-help.html pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch-help.html]. PubChem sadrži opise tvari i malih molekula koje su s manje od tisuću atoma i manje od tisuću kemijskih veza. Više od 80 opskrbljivača baza podataka prinose bazi podakat PubChemu.<ref>{{Cite web|url = http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/sources/sources.cgi|title = PubChem Source Information|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information}}</ref>
Održava ju [[Nacionalni centar za biotehnološke informacije]] (NCBI) koji je dio [[Nacionalna knjižnica medicine SAD|Nacionalne knjižnice medicine]] koja pripada [[Nacionalni instituti zdravstva|Nacionalnim institutima zdravstva SAD]] (NIH). PubChem-u se može [[javno dobro|besplatno]] pristupiti preko [[korisničko sučelje|mrežnog korisničkog sučelja]]. Milijuni struktura sastojaka i opisnih skupova podataka može se besplatno skinuti s [[ftp]]-a na adresi [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch-help.html pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch-help.html]. PubChem sadrži opise tvari i malih molekula koje su s manje od tisuću atoma i manje od tisuću kemijskih veza. Više od 80 opskrbljivača baza podataka prinose bazi podakat PubChemu.<ref>{{Citiranje weba|url = http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/sources/sources.cgi|title = PubChem Source Information|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information}}</ref>
[[PMID]] je 15879180. <ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15879180?dopt=Abstract PMID 15879180]</ref>
[[PMID]] je 15879180. <ref>[https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15879180?dopt=Abstract PMID 15879180]</ref>


Projekt je imao problema od početka rada jer je predstavljao izravnog takmaca već postojećem servisu [[Američko kemijsko društvo|Američkog kemijskog društva]] ([[American Chemical Society]])  [[Chemical Abstracts Service|Chemical Abstracts Serviceu]].<ref>{{cite journal |doi=10.1126/science.308.5723.774a |date=May 2005 |author=Kaiser J |title=Science resources. Chemists want NIH to curtail database |volume=308 |issue=5723 |pages=774 |pmid=15879180 |journal=[[Science (journal)|Science]]}}</ref> ACS je u ovom imao veliki interes, jer besplatni PubChem je ugrožavao Chemical Abstracts Service koji je ACS-u jedan od glavnih stvaratelja prihoda. Radi rješavanja ovog slučaja, ACS je aktivno lobirao u američkom kongresu. Malo poslije nego je stvoren PubChem, Američko kemijsko društvo lobiralo je u Kongresu SAD za ograničenje djelokruga PubChem, zbog toga što su dokazivali da konkurira njihovom [[Chemical Abstracts Service|Chemical Abstracts Serviceu]].<ref>{{Cite web|url = http://osc.universityofcalifornia.edu/news/acs_pubchem.html|title = PubChem and the American Chemical Society|work = Reshaping Scholarly Communication|location = USA|publisher = University of California}}</ref>
Projekt je imao problema od početka rada jer je predstavljao izravnog takmaca već postojećem servisu [[Američko kemijsko društvo|Američkog kemijskog društva]] ([[American Chemical Society]])  [[Chemical Abstracts Service|Chemical Abstracts Serviceu]].<ref>{{cite journal |doi=10.1126/science.308.5723.774a |date=May 2005 |author=Kaiser J |title=Science resources. Chemists want NIH to curtail database |volume=308 |issue=5723 |pages=774 |pmid=15879180 |journal=[[Science (journal)|Science]]}}</ref> ACS je u ovom imao veliki interes, jer besplatni PubChem je ugrožavao Chemical Abstracts Service koji je ACS-u jedan od glavnih stvaratelja prihoda. Radi rješavanja ovog slučaja, ACS je aktivno lobirao u američkom kongresu. Malo poslije nego je stvoren PubChem, Američko kemijsko društvo lobiralo je u Kongresu SAD za ograničenje djelokruga PubChem, zbog toga što su dokazivali da konkurira njihovom [[Chemical Abstracts Service|Chemical Abstracts Serviceu]].<ref>{{Citiranje weba|url = http://osc.universityofcalifornia.edu/news/acs_pubchem.html|title = PubChem and the American Chemical Society|work = Reshaping Scholarly Communication|location = USA|publisher = University of California}}</ref>


== Sastavni dijelovi ==
== Sastavni dijelovi ==
PubChem se sastoji od triju dinamično rastućih primarnih baza podataka. Do 29. rujna 2014. to su:
PubChem se sastoji od triju dinamično rastućih primarnih baza podataka. Do 29. rujna 2014. to su:


* Compounds, 54 milijuna natuknica <ref>{{cite web|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search|title=Search Results for all compounds|accessdate=29. rujna 2014.}}</ref> (do 31 milijun natuknica siječnja 2011.), sadrži čiste i karakterizirane kemijske sastojke.<ref>{{Cite web|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pccompound|title = all[filt&#93; - PubChem Compound Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 7. siječnja 2011.}}</ref>
* Compounds, 54 milijuna natuknica <ref>{{cite web|url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search|title=Search Results for all compounds|accessdate=29. rujna 2014.}}</ref> (do 31 milijun natuknica siječnja 2011.), sadrži čiste i karakterizirane kemijske sastojke.<ref>{{Citiranje weba|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pccompound|title = all[filt&#93; - PubChem Compound Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 7. siječnja 2011.}}</ref>
* Substances, 163.5 million entries<ref>{{Cite web|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance|title = all[filt&#93; - PubChem Substance Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 29. rujna 2014.}}</ref> (do 75 milijuna natuknica siječnja 2011.<ref>{{Cite web|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance|title = all[filt&#93; - PubChem Substance Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 7. siječnja 2011.}}</ref>), sadrži i smjese, [[ekstrakt|ekstrakte]], [[kompleksni spojevi|složene spojeve]] i nekarakterizirane tvari.
* Substances, 163.5 million entries<ref>{{Citiranje weba|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance|title = all[filt&#93; - PubChem Substance Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 29. rujna 2014.}}</ref> (do 75 milijuna natuknica siječnja 2011.<ref>{{Citiranje weba|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance|title = all[filt&#93; - PubChem Substance Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 7. siječnja 2011.}}</ref>), sadrži i smjese, [[ekstrakt|ekstrakte]], [[kompleksni spojevi|složene spojeve]] i nekarakterizirane tvari.
* BioAssay, rezultati [[biološka aktivnost|biološke aktivnosti]] od 6059<ref>{{Cite web|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay|title = all[filt&#93; - PubChem BioAssay Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 29. rujna 2014.}}</ref> (od 1644 siječnja 2011,<ref>{{Cite web|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay|title = all[filt&#93; - PubChem BioAssay Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 7. siječnja 2011.}}</ref>) programi za [[visokopropusno probiranje]] (high-throughput screening) s nekoliko milijuna jedinica.
* BioAssay, rezultati [[biološka aktivnost|biološke aktivnosti]] od 6059<ref>{{Citiranje weba|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay|title = all[filt&#93; - PubChem BioAssay Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 29. rujna 2014.}}</ref> (od 1644 siječnja 2011,<ref>{{Citiranje weba|url = http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay|title = all[filt&#93; - PubChem BioAssay Results|work = The PubChem Project|location = USA|publisher = National Center for Biotechnology Information|accessdate = 7. siječnja 2011.}}</ref>) programi za [[visokopropusno probiranje]] (high-throughput screening) s nekoliko milijuna jedinica.


== Pretraživanje ==
== Pretraživanje ==

Inačica od 13. studeni 2021. u 11:59

Logotip

PubChem je baza podataka kemijskih molekula i njihovih aktivnosti. Puštena je u pogon 2004. godine.[1] Održava ju Nacionalni centar za biotehnološke informacije (NCBI) koji je dio Nacionalne knjižnice medicine koja pripada Nacionalnim institutima zdravstva SAD (NIH). PubChem-u se može besplatno pristupiti preko mrežnog korisničkog sučelja. Milijuni struktura sastojaka i opisnih skupova podataka može se besplatno skinuti s ftp-a na adresi pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/pc_fetch/pc_fetch-help.html. PubChem sadrži opise tvari i malih molekula koje su s manje od tisuću atoma i manje od tisuću kemijskih veza. Više od 80 opskrbljivača baza podataka prinose bazi podakat PubChemu.[2] PMID je 15879180. [3]

Projekt je imao problema od početka rada jer je predstavljao izravnog takmaca već postojećem servisu Američkog kemijskog društva (American Chemical Society) Chemical Abstracts Serviceu.[4] ACS je u ovom imao veliki interes, jer besplatni PubChem je ugrožavao Chemical Abstracts Service koji je ACS-u jedan od glavnih stvaratelja prihoda. Radi rješavanja ovog slučaja, ACS je aktivno lobirao u američkom kongresu. Malo poslije nego je stvoren PubChem, Američko kemijsko društvo lobiralo je u Kongresu SAD za ograničenje djelokruga PubChem, zbog toga što su dokazivali da konkurira njihovom Chemical Abstracts Serviceu.[5]

Sastavni dijelovi

PubChem se sastoji od triju dinamično rastućih primarnih baza podataka. Do 29. rujna 2014. to su:

  • Compounds, 54 milijuna natuknica [6] (do 31 milijun natuknica siječnja 2011.), sadrži čiste i karakterizirane kemijske sastojke.[7]
  • Substances, 163.5 million entries[8] (do 75 milijuna natuknica siječnja 2011.[9]), sadrži i smjese, ekstrakte, složene spojeve i nekarakterizirane tvari.
  • BioAssay, rezultati biološke aktivnosti od 6059[10] (od 1644 siječnja 2011,[11]) programi za visokopropusno probiranje (high-throughput screening) s nekoliko milijuna jedinica.

Pretraživanje

Širok je izbor mogućnosti kojim se može pretraživati baze podataka, poput kemijske strukture, dijelova imena, kemijske formule, molekulske mase, particijskog koeficijenta (XLogP) i po broju davatelja i primatelja vodikove veze.

PubChem ima svoj vlastiti mrežni contains its own online molekulski uređivač sa SMILES/SMARTS-om i podrškom za međunarodni kemijski identifikator (InChi) kojim se omogućuje uvoz i izvoz svih poznatih formata kemijskih datoteka radi pretrage stuktura i fragmenata.

Svaki rezultat pretraživanja daje iinformaciju o istoznačnicama, kemijskim osobinama, kemijskoj strukturi uključujući i SMILES-ove i InChI-jeve stringove, biološku aktivnost te poveznice na sastojke koji su strukturno srodni i na druge baze NCBI-jeve baze podataka kao PubMed.

Vidi

Bilješke

  1. ↑ "About PubChem". https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/about.html Pristupljeno 3. svibnja 2014. 
  2. ↑ "PubChem Source Information". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/sources/sources.cgi 
  3. ↑ PMID 15879180
  4. ↑ Kaiser J (svibanj 2005). "Science resources. Chemists want NIH to curtail database". Science 308 (5723): 774. doi:10.1126/science.308.5723.774a. PMID 15879180 
  5. ↑ "PubChem and the American Chemical Society". Reshaping Scholarly Communication. USA: University of California. http://osc.universityofcalifornia.edu/news/acs_pubchem.html 
  6. ↑ "Search Results for all compounds". http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pccompound?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search Pristupljeno 29. rujna 2014. 
  7. ↑ "all[filt] - PubChem Compound Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pccompound Pristupljeno 7. siječnja 2011. 
  8. ↑ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance Pristupljeno 29. rujna 2014. 
  9. ↑ "all[filt] - PubChem Substance Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcsubstance Pristupljeno 7. siječnja 2011. 
  10. ↑ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay Pristupljeno 29. rujna 2014. 
  11. ↑ "all[filt] - PubChem BioAssay Results". The PubChem Project. USA: National Center for Biotechnology Information. http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?term=all%5Bfilt%5D&cmd=search&db=pcassay Pristupljeno 7. siječnja 2011. 

Vanjske poveznice

Dobavljeno iz "https://enciklopedija.cc/index.php?title=PubChem&oldid=324983"