Franjevački samostan Duha Svetoga nalazi se u Fojnici u BIH ispod brda Križa. Starost samostana nije moguće precizno utvrditi, no dokumenti potvrđuju nazočnost franjevaca u Fojnici još početkom 14. stoljeća, na osnovi čega se može zaključiti, da su još u prvim desetljećima toga stoljeća na području Fojnice imali manju kuću, koja je naknadno premještena na lokaciju današnjeg samostana.
Samostani u Fojnici bili su na više lokacija i više puta razarani. Prvi je bio na Pazarišću. Vremenom su rasle potrebe za smještaj putnika namjernika i drugih zbog čega je trebala posebna soba. Kad su okolnosti dovele da fratri tu više nisu mogli opstati, preselili su se na uzvišicu iznad Fojnice, na brdo Križ. Godne 1502. u gustoj šumi postavili su temelje novom samostanu, na istom mjestu gdje je i danas. Danas to izgleda atraktivna lokacija, no gledano iz situacije onog vremena i prostora, vidljiv je sasvim drugi motiv izbora lokacije. Za velikoga osmanskoga progona katolika, porušeni su i samostan i crkva u Fojnici. Bilo je to 1524. godine.
Samostan je obnavljan od 1863. godine. Nacrt je napravio Ante Ciciliani iz Trogira. Gradnju je vodio domaći majstor Matija Lovrinović (do 1865.), a zatim Špiro Marić s otoka Visa. Obnovljen je pred rat, 1913. godine. Prema nacrtu arhitekta Lavrenčića samostan je znatno proširen izgradnjom dodatnog trakta 1940. godine. Taj se novi dio koristio kao stambeni prostor, a stara zgrada samostana za knjižnicu i muzej.