Škotske životinjske vrste uglavnom su uobičajene za sjeverozapadni europski dio paleoarktičke zone, iako je nekoliko najvećih sisavaca tog područja izumrlo zbog izlova, a ljudske su aktivnosti također dovele do uvoza raznih životinja. Raznovrsna škotska staništa s umjerenom klimom dom su za 62 vrste sisavaca, uključujući i jednu populaciju divljih mačaka, velik broj sivih i običnih tuljana i najsjeverniju populaciju dobrih dupina na svijetu. Ovdje žive mnoge populacije ptica, poput tetrijeba ruševca i sjeverne snježnice (Lagopus lagopus), a Škotska ima i svjetski važna gnijezdilišta morskih ptica kao što je bluna. Suri orao postao je nacionalna ikona, a bukoči i bjelorepani nedavno su ponovo naselili ove prostore. Škotski krstokljun jedina je endemična podvrsta kralježnjaka u Ujedinjenom Kraljevstvu.
Škotska mora su među biološki najproduktivnijim u svijetu; procijenjeno je da broj morskih vrsta u morima Škotske prelazi 40 000. Darwinovi brežuljci važno su područje za dubokomorske koralje koji žive u hladnoj vodi, i koji su otkriveni 1998. Usto, gotovo 400 genetički različitih populacija atlantskog lososa živi u rijekama Škotske. Od 42 vrste slatkovodnih riba, pola ih je ovdje dospjelo prirodnom kolonizacijom, a pola su uveli ljudi. Tu živi samo šest vrsta vodozemaca i četiri vrste kopnenih gmazova, ali mnoge vrste beskralježnjaka s tih područja rijetke su na drugim prostorima Ujedinjenog Kraljevstva. Procijenjeno je da postoji 14 000 vrsta kukaca, uključujući i rijetke pčele i leptire koji su zaštićeni zakonom. Organizacije za očuvanje prirode u Ujedinjenom Kraljevstvu brinu se da će klimatske promjene, a posebno njihov utjecaj na visoravni i bića u moru, ugroziti većinu faune Škotske.