U faunu Australije ubrajaju se mnoge jedinstvene životinje; oko 83% sisavaca, 89% gmazova, 90% riba i kukaca i 93% vodozemaca koji nastanjuju ovaj kontinent je endemično za Australiju. Visok nivo endemičnosti je rezultat duge zemljopisne izoliranosti ovog kontinenta, tektonske stabilnosti i zbog neobičnog utjecaja promjene klime na tlo i biljke tokom vremena. Jedinstvena osobina australske faune je relativna rijetkost viših sisavaca (placentala). Zato tobolčari - grupa sisavaca koji svoje mlade podižu u džepu, uključujući oposume, koale, klokani i druge - zauzimaju mnoge ekološke niše koje placentali zauzimaju drugdje u svijetu. Australija je dom dvije od pet poznatih vrsta jednootvornih sisavaca (monotermata), a tu žive i brojne otrovne vrste poput čudnovatog kljunaša, pauka, štipavaca, meduza, školjkaša i raža. Jedinstveno, u Australiji živi više otrovnih nego neotrovnih vrsta zmija.
Dolazak Maora u Australiju prije više od 40.000 godina, a kasnije i Europljana 1788., je dosta utjecalo na faunu. Lov, uvođenje vrsta koje tu nisu prije živjele i modifikovanje zemljišta uključujući i uništavanje staništa, su doveli do izumiranja mnogih vrsta. Neke od njih su rajski papagaj, Chaeropus ecaudatus i Potorous platyops. Nestabilno tlo još uvijek ugrožava mnoge vrste. Da bi zaštitila svoju faunu, australska vlada je osnovala mnoga zaštićena područja.