Veličina genoma može se izraziti kroz broj nukleotida u genomu ili kroz broj gena. Obje veličine snažno variraju između vrsta, a međusobno su vrlo slabo povezane, što zovemo "paradoks C-vrijednosti" - složeniji organizmi ne moraju imati više DNK ili više gena. Zasad, genom s najvećim brojem gena pripada praživotinji Trichomonas vaginalis sa 60000 gena, gotovo tri puta više od ljudskog genoma. U drugoj krajnosti stoje vrlo mali genomi bakterije Mycoplasma genitalium (521 gen) i arheje Nanoarchaeon equitans (536 gena).