Razlika između inačica stranice »DNA anotacija«

Izvor: Hrvatska internetska enciklopedija
Skoči na:orijentacija, traži
(Bot: Automatski unos stranica)
 
m (brisanje nepotrebnih znakova)
 
(Nije prikazana jedna međuinačica istog suradnika)
Redak 1: Redak 1:
<!--'''DNA anotacija'''-->
 
'''DNA anotacija''' ili '''bilježenje''' '''genoma''' postupak je identificiranja mjesta [[Gen|gena]] i svih [[Područje kodiranja|kodirajućih područja]] u [[Genom|genomu]] te određivanja onoga što ti geni rade. Anotacija (neovisno o kontekstu) je bilješka dodana u obliku objašnjenja ili komentara. Nakon što se genom sekvencira, potrebno ga je označiti kako bi imao smisla. <ref>{{Citiranje www|url=http://www.medterms.com/script/main/art.asp?articlekey=16833|naslov=Medical Definition of Genome annotation}}</ref>   
'''DNA anotacija''' ili '''bilježenje''' '''genoma''' postupak je identificiranja mjesta [[Gen|gena]] i svih [[Područje kodiranja|kodirajućih područja]] u [[Genom|genomu]] te određivanja onoga što ti geni rade. Anotacija (neovisno o kontekstu) je bilješka dodana u obliku objašnjenja ili komentara. Nakon što se genom sekvencira, potrebno ga je označiti kako bi imao smisla. <ref>{{Citiranje www|url=http://www.medterms.com/script/main/art.asp?articlekey=16833|naslov=Medical Definition of Genome annotation}}</ref>   


Redak 33: Redak 33:
* ekspresija
* ekspresija


Ovi koraci mogu uključivati i biološke eksperimente i ''[[in silico]]'' analizu. Pristupi temeljeni na proteogenomiji koriste informacije iz eksprimiranih proteina, često izvedenih iz masene spektrometrije, za poboljšanje genomskih anotacija.<ref name="Gupta072">{{Cite journal|last=Gupta|first=Nitin|title=Whole proteome analysis of post-translational modifications: applications of mass-spectrometry for proteogenomic annotation|date=September 2007|journal=Genome Research|volume=17|issue=9|pages=1362–1377|doi=10.1101/gr.6427907|author9=Vineet Bafna|pmid=17690205|author11=Pavel A Pevzner|author10=Richard D Smith|author6=Robert Edwards|author8=Andrei Osterman|author7=Margaret Romine|issn=1088-9051|author5=Mary Lipton|author4=Joshua N Adkins|author3=Navdeep Jaitly|author2=Stephen Tanner|pmc=1950905}}</ref>
Ovi koraci mogu uključivati i biološke eksperimente i ''[[in silico]]'' analizu. Pristupi temeljeni na proteogenomiji koriste informacije iz eksprimiranih proteina, često izvedenih iz masene spektrometrije, za poboljšanje genomskih anotacija.<ref name="Gupta072">{{Citiranje časopisa|last=Gupta|first=Nitin|title=Whole proteome analysis of post-translational modifications: applications of mass-spectrometry for proteogenomic annotation|date=September 2007|journal=Genome Research|volume=17|issue=9|pages=1362–1377|doi=10.1101/gr.6427907|author9=Vineet Bafna|pmid=17690205|author11=Pavel A Pevzner|author10=Richard D Smith|author6=Robert Edwards|author8=Andrei Osterman|author7=Margaret Romine|issn=1088-9051|author5=Mary Lipton|author4=Joshua N Adkins|author3=Navdeep Jaitly|author2=Stephen Tanner|pmc=1950905}}</ref>


Raznovrsni softverski alati razvijeni su kako bi znanstvenicima omogućili pregled i dijeljenje genomskih bilješki; na primjer [http://www.yandell-lab.org/software/maker.html MAKER].  
Raznovrsni softverski alati razvijeni su kako bi znanstvenicima omogućili pregled i dijeljenje genomskih bilješki; na primjer [http://www.yandell-lab.org/software/maker.html MAKER].  


Bilježenje genoma ostaje glavni izazov znanstvenicima koji istražuju [[ljudski genom]], sada kada su sekvence genoma više od tisuću ljudskih jedinki (Projekt 100 000 genoma, Velika Britanija) i nekoliko [[Modelni organizmi |modelnih organizama]] uglavnom dovršene. <ref name="encode2012plosGuide">{{Citiranje časopisa|author=ENCODE Project Consortium|title=A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)|year=2011|journal=[[PLOS Biology]]|volume=9|issue=4|pages=e1001046}}<!--  {{open access}} --> </ref> <ref name="1001genomes2012">{{Citiranje časopisa|author=McVean|first=G. A.|title=An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes|year=2012|journal=Nature|volume=491|issue=7422|pages=56–65}}</ref> Identificiranje mjesta gena i drugih elemenata genetske kontrole često se opisuje kao definiranje biološkog "popisa dijelova" za sastavljanje i normalan rad organizma. <ref name="pevsner2009">{{Citiranje knjiga|Title=Bioinformatics and functional genomics|URL=https://archive.org/details/bioinformaticsfu00pevs_0}}</ref> Znanstvenici su još uvijek u ranoj fazi definiranja ovog popisa dijelova i razumijevanja kako se svi dijelovi "spajaju jedan s drugim". <ref name="encode2012">{{Citiranje časopisa|author=Dunham|first=I.|title=An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome|year=2012|journal=Nature|volume=489|issue=7414|pages=57–74}}</ref>  
Bilježenje genoma ostaje glavni izazov znanstvenicima koji istražuju [[ljudski genom]], sada kada su sekvence genoma više od tisuću ljudskih jedinki (Projekt 100 000 genoma, Velika Britanija) i nekoliko [[Modelni organizmi |modelnih organizama]] uglavnom dovršene. <ref name="encode2012plosGuide">{{Citiranje časopisa|author=ENCODE Project Consortium|title=A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)|year=2011|journal=[[PLOS Biology]]|volume=9|issue=4|pages=e1001046}} </ref> <ref name="1001genomes2012">{{Citiranje časopisa|author=McVean|first=G. A.|title=An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes|year=2012|journal=Nature|volume=491|issue=7422|pages=56–65}}</ref> Identificiranje mjesta gena i drugih elemenata genetske kontrole često se opisuje kao definiranje biološkog "popisa dijelova" za sastavljanje i normalan rad organizma. <ref name="pevsner2009">{{Citiranje knjiga|Title=Bioinformatics and functional genomics|URL=https://archive.org/details/bioinformaticsfu00pevs_0}}</ref> Znanstvenici su još uvijek u ranoj fazi definiranja ovog popisa dijelova i razumijevanja kako se svi dijelovi "spajaju jedan s drugim". <ref name="encode2012">{{Citiranje časopisa|author=Dunham|first=I.|title=An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome|year=2012|journal=Nature|volume=489|issue=7414|pages=57–74}}</ref>  


Bilježenje genoma aktivno je područje istraživanja i uključuje niz različitih organizacija u zajednici nauka o životu koje svoje napore objavljuju u javno dostupnim [[Biološke baze podataka |biološkim bazama podataka]] dostupnim putem weba i drugih elektroničkih sredstava. Ovdje je abecedni popis tekućih projekata relevantnih za označavanje genoma:  
Bilježenje genoma aktivno je područje istraživanja i uključuje niz različitih organizacija u zajednici nauka o životu koje svoje napore objavljuju u javno dostupnim [[Biološke baze podataka |biološkim bazama podataka]] dostupnim putem weba i drugih elektroničkih sredstava. Ovdje je abecedni popis tekućih projekata relevantnih za označavanje genoma:  

Trenutačna izmjena od 11:49, 13. ožujka 2022.

DNA anotacija ili bilježenje genoma postupak je identificiranja mjesta gena i svih kodirajućih područja u genomu te određivanja onoga što ti geni rade. Anotacija (neovisno o kontekstu) je bilješka dodana u obliku objašnjenja ili komentara. Nakon što se genom sekvencira, potrebno ga je označiti kako bi imao smisla. [1]

DNA bilješka, koja je prethodno bila nepoznati slijed prikaz genetskog materijala, obogaćena je podacima koji se odnose na genomski položaj na intron-egzon granicama, regulatornim sekvencama, ponavljanjem, imenima gena i proizvoda proteina . Ta bilješka pohranjuje se u genskim bazama podataka, kao što su Mouse Genome Informatics, FlyBase i WormBase. Edukativni materijali o nekim aspektima biološkog bilježenja, i sličnih događaja s anotacijskog kampa Gene Ontology iz 2006. godine, dostupni su na web stranici Gene Ontology.[2]

Nacionalni centar za biomedicinsku ontologiju (www.bioontology.org) razvija alate za automatizirano bilježenje [3] zapisa baze podataka na temelju tekstualnih opisa tih zapisa.

Kao općenita metoda, dcGO [4] ima automatizirani postupak za statističko zaključivanje povezanosti između ontoloških pojmova i proteinskih domena ili kombinacija domena iz postojećih anotacija na razini gena/proteina.

Postupak

Anotacija genoma sastoji se od tri glavna koraka:. [5]

  1. identificiranje dijelova genoma koji ne kodiraju proteine
  2. identificiranje elemenata na genomu, proces koji se naziva predviđanje gena
  3. dodavanje bioloških informacija tim elementima

Alati za pokušaj automatske anotacije pokušavaju izvesti te korake pomoću računalne analize, za razliku od ručnih zabilješki (kuracija) koje uključuju ljudsku stručnost. U idealnom slučaju, ti pristupi koegzistiraju i međusobno se nadopunjuju u istom nizu anotacija.

Jednostavna metoda bilježenja gena oslanja se na alate za pretraživanje temeljene na homologiji, poput BLAST-a, u potrazi za homolognim genima u određenim bazama podataka; dobivene informacije se zatim koriste za označavanje gena i genoma. [6] Međutim, kako se informacije dodaju na platformu anotacija, ručni bilježnici postaju sposobni dekonvolitirati odstupanja između gena kojima je dana ista anotacija. Neke baze podataka koriste informacije o kontekstu genoma, rezultate sličnosti, eksperimentalne podatke i integracije drugih resursa za pružanje anotacija o genomu kroz svoj Pristup podsustavima. Ostale baze podataka (npr. Ensembl ) oslanjaju se na izabrane izvore podataka kao i niz različitih softverskih alata u svom automatiziranom nizu za bilježenje genoma. [7]

Strukturna napomena sastoji se od identifikacije genskih elemenata.

  • ORF-ovi i njihova lokalizacija
  • struktura gena
  • regije kodiranja
  • mjesto regulatornih motiva

Funkcionalna napomena sastoji se od pridavanja bioloških informacija genomskim elementima.

  • biokemijska funkcija
  • biološka funkcija
  • uključena regulacija i interakcije
  • ekspresija

Ovi koraci mogu uključivati i biološke eksperimente i in silico analizu. Pristupi temeljeni na proteogenomiji koriste informacije iz eksprimiranih proteina, često izvedenih iz masene spektrometrije, za poboljšanje genomskih anotacija.[8]

Raznovrsni softverski alati razvijeni su kako bi znanstvenicima omogućili pregled i dijeljenje genomskih bilješki; na primjer MAKER.

Bilježenje genoma ostaje glavni izazov znanstvenicima koji istražuju ljudski genom, sada kada su sekvence genoma više od tisuću ljudskih jedinki (Projekt 100 000 genoma, Velika Britanija) i nekoliko modelnih organizama uglavnom dovršene. [9] [10] Identificiranje mjesta gena i drugih elemenata genetske kontrole često se opisuje kao definiranje biološkog "popisa dijelova" za sastavljanje i normalan rad organizma. [6] Znanstvenici su još uvijek u ranoj fazi definiranja ovog popisa dijelova i razumijevanja kako se svi dijelovi "spajaju jedan s drugim". [11]

Bilježenje genoma aktivno je područje istraživanja i uključuje niz različitih organizacija u zajednici nauka o životu koje svoje napore objavljuju u javno dostupnim biološkim bazama podataka dostupnim putem weba i drugih elektroničkih sredstava. Ovdje je abecedni popis tekućih projekata relevantnih za označavanje genoma:

Na Wikipediji se anotacija genoma počela automatizirati pod pokroviteljstvom Gene Wiki portala koji upravlja robotom koji skuplja genske podatke iz istraživačkih baza podataka i na toj osnovi stvara gene. [12]

Reference

  1. ↑ Medical Definition of Genome annotation,
  2. ↑ GO Teaching Resources, Arhivirano iz izvornika 24. lipnja 2014.,
  3. ↑ NCBO Annotator (14. veljače 2020.),
  4. ↑ Fang, H (2013). "DcGO: Database of domain-centric ontologies on functions, phenotypes, diseases and more". Nucleic Acids Research 41 (Database issue): D536–44 
  5. ↑ Stein, L. (2001). "Genome annotation: from sequence to biology". Nature Reviews Genetics 2 (7): 493–503 
  6. ↑ 6,0 6,1 Bioinformatics and functional genomics.
  7. ↑ Gene annotation in Ensembl (14. veljače 2020.),
  8. ↑ Gupta, Nitin; Stephen Tanner; Navdeep Jaitly; Joshua N Adkins; Mary Lipton; Robert Edwards; Margaret Romine; Andrei Osterman et al. (rujna 2007). "Whole proteome analysis of post-translational modifications: applications of mass-spectrometry for proteogenomic annotation". Genome Research 17 (9): 1362–1377. doi:10.1101/gr.6427907. ISSN 1088-9051. PMC 1950905. PMID 17690205. //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1950905/ 
  9. ↑ ENCODE Project Consortium (2011). "A User's Guide to the Encyclopedia of DNA Elements (ENCODE)". PLOS Biology 9 (4): e1001046 
  10. ↑ McVean, G. A. (2012). "An integrated map of genetic variation from 1,092 human genomes". Nature 491 (7422): 56–65 
  11. ↑ Dunham, I. (2012). "An integrated encyclopedia of DNA elements in the human genome". Nature 489 (7414): 57–74 
  12. ↑ Huss, Jon W. (2008). "A Gene Wiki for Community Annotation of Gene Function". PLoS Biology 6 (7): e175 
Dobavljeno iz "https://enciklopedija.cc/index.php?title=DNA_anotacija&oldid=426477"