Mala scena nastala je negdje početkom 1986. godine kada su zagrebački glumci Vitomira Lončar i Ivica Šimić, nezadovoljni stanjem i svojim statusom u kazalištu u kojem su bili uposleni, odlučili su pokušati napraviti svoje vlastito kazalište.
Prvu samostalnu predstavu - Pričalo i Malena (Blumen der Phantasie - Storyman and Tina) odigrali su u Münchenu, na poziv gospodina Jürgena Flüggea, tada ravnatelja kazališta Schauburg, u travnju 1987. na njemačkom jeziku. Predstavu su zajednički radili sa Zvjezdanom Ladikom, a odmah nakon gostovanja u Njemačkoj, pridružio im se i Roman Šušković Stipanović. Bio je to početak Male scene koja je, kao kazalište, registrirana 1988. godine. Iste godine unajmili su prostor tadašnje mjesne zajednice na Medveščaku, adaptirali ga i tako dobili svoj dom. Kazalište Mala scena svečano je otvoreno 6. prosinca 1989., a prva predstava u novom prostoru - Prava stvar (The Real Thing) Toma Stopparda premjerno je izvedena 9. prosinca.
Od 1990. do 1993. kada je s Malom scenom surađivao i profesor Vlado Habunek, trudili su se održavati tri paralelna programa kazališta: "Večernju scenu", "Dječju scenu" i "Dramski studio". Profesor Habunek dao je veliki zamah kazalištu postavama dviju predstava: Dvostruka nevjera Marivauxa 1990. godine i Letice & Ljublist 1992.
Nakon 1993. i sudjelovanja Ivice Šimića na režiserskom seminaru u Esslingenu, Njemačka, gdje se upoznao sa najznačajnijim umjetnicima iz svijeta kazališta za djecu i mlade u Europi, Mala scena se sve više posvećuje radu za djecu i mlade.
Mala scena je razvila vrlo snažnu međunarodnu aktivnost što je rezultiralo brojnim gostovanjima u inozemstvu, ali i organizacijom međunarodnih susreta u Hrvatskoj.
Danas Mala Scena godišnje ima oko 500 odigranih predstava i preko 65.000 gledatelja.