Autoimune bolesti nastaju kao posljedica pretjerane reakcije imunološkog sustava protiv tvari, organizama i tkiva normalno prisutnih u tijelu. Danas postoji preko 40 ljudskih bolesti klasificiranih kao sigurno ili vjerojatno autoimunog porijekla i od njih zajedno boluje oko 5-7% svjetske populacije. Gotovo sve autoimune bolesti pojavljuju se bez upozorenja i jasnih uzroka.
Uzroci nastanka autoimunih bolesti su još uvijek nejasni i mnogi stručnjaci smatraju da većina takvih bolesti predstavlja tzv. "bolesti obilja" odnosno bolesti uzrokovane tehnološkim i kulturnim napretkom i odmicanjem čovjeka od njegovog prirodnog okoliša. Tako je npr. potvrđena povezanost artritisa i pretilosti, a WHO (Svjetska zdravstvena organizacija) navodi da je broj pacijenata oboljelih od artritisa najveći u razvijenim zemljama. Većina autoimunih bolesti vjerojatno je rezultat kombinacije uzroka kao što su npr. genetska predispozicija potaknuta infekcijom.
Zanimljivo je da su prema nekim istraživanjima žene puno sklonije bolovanju od autoimunih bolesti (skoro 79% svih pacijenata u SAD su žene). Također je primjećeno da se većina pacijenata s autoimunim bolestima prvi put susreće za vrijeme ili neposredno nakon puberteta. Nije poznato zašto ali primjećeno je da razine određenih hormona mogu utjecati na jačinu simptoma kod bolesti kao multipla skleroza.
Neke od češćih bolesti s utvrđenim autoimunim porijeklom su: