Protein Data Bank (PDB) je kristalografska baza podataka trodimenzionalnih strukturalnih podataka velikih bioloških molekula poput bjelančevina i nukleinskih kiselina. Podatci su obično dobiveni kristalografijom X-zrakama, spektroskopijom NMR-om, ili u zadnje vrijeme rastuće krioelektronskom mikroskopijom. Podatke šalju biolozi i biokemičari iz svih krajeva svijta. Besplatno su dostupni na internetu preko mrežnih stranica organizacija članica PDB-a (PDBe,[1] PDBj,[2] and RCSB[3]). PDB nadzire organizacija Worldwide Protein Data Bank, wwPDB.