Filogenetsko stablo pokazuje evolucijske odnose između raznih vrsta ili drugih dijelova za koje se pretpostavlja da imaju zajedničke pretke. Time je filogenetsko stablo ustvari oblik kladograma. Svako grananje od predaka označava na stablu najbližeg zajedničkog pretka. Dužine grana označavaju procijenjeno vrijeme kroz koje su se grupe životinja odvojeno razvijale, ili broj mutacija koje su se u tom vremenu dogodile. Svako čvorište na filogenetskom stablu smatra se taksonomskom zajednicom, pri čemu se unutrašnja čvoričta smatraju hipotetičkom taksonomskom zajednicom, ako se odgovarajuće vrste ne mogu promatrati.
Izvori podataka i njihovo interpretiranje
Filogenetska stabla danas se grade uglavnom na analizi segmenata gena pojedinih vrsta. Pri tome se izračunavaju dužine pojedinih segmenata istog gena (ili eventualno istih gena) određene vrste i koriste se sličnosti i razlike za izgradnju stabla. Vrste čiji su segmenti slični, vjerojatno se na stablu nalaze bliže od onih, kod kojih se iste sekvence jako razlikuju. Kako kompleksnost izračuna takvih stabala s brojem segmenata eksponencijalno raste, za generiranje stabala koristi se heuristika. U standardne metode molekularno filogenetičke konstrukcije stabla spada više matematičko-statističkih metoda.
Cilj izrade filogenetskog stabla je što detaljnije objašnjenje evolucije. Danas je poznato, da se geni nisu razvijali ravnomjerno. Neki geni koji se danas nalaze kod čovjeka, imaju zajedničkog pretka samo sa čimpanzama, dok se neki drugi pojavljuju kod svih sisavaca, i tome slično.
Zbog toga se može dogoditi, da filogenetske analize različitih gena iste vrste rezultiraju različitim filogenetskim stablima od kojih je svako korektno. Kako bi se utvrdio razvojni slijed kao i grananja u evoluciji pojedinih vrsta, neophodno je ispitivanje različitih područja (segmenata) gena. Osim toga, u interpretaciji treba uzeti u obzir kako rezultate klasične filogeneze tako i morfološka obilježja.
Kritike
- Po definiciji, filogenetička stabla ne mogu predstavljati hibridiziranje niti lateralni transfer gena, koji su također važne metode prijenosa gena. Zbog toga, neki znanstvenici zastupaju stanovište, da ne treba istraživati filogenetsko stablo, nego bi trebalo istraživati filogenetsku mrežu (ona se od filogenetskog stabla razlikuje time, da dozvoljava "poprečne veze" između vrsta koje inače nisu direktno srodne).
- Stabla, koja ne sadrže izumrle vrste treba interpretirati s oprezom.
vidi i