Genska ontologija

Genska ontologija (eng. Gene ontology, GO) je međunarodna bioinformatička inicijativa koja je uvedena radi unificiranja prikaza dijela vokabulara bioznanosti, odnosno atributa gena i genskih proizvoda svih vrsta.^[1] Rezultat je istoimena ontološka baza podataka koja se neprestano razvija među raznim svjetskim biološkim bazama podataka. Ovaj projekt održava i razvija kontrolirani vokabular atributa gena i genskih proizvoda, anotira gene i genske proizvode, asimilira i rasprostranjuje anotacijske podatke, pruža alate brzog pristupa svim aspektima podataka koje ovaj projekt omogućava te omogućava funkcionalnu interpretaciju pokusnih podataka uporabom projekta Genske ontologije, primjerice putem analize obogaćivanja.

Otvorene biomedicinske ontologije (eng. Open Biomedical Ontologies, OBO) su veći projekt razvrstavanja koji obuhvaća Gensku ontologiju.^[2] Ustanove koje sudjeluju u radu GO većinom su iz SAD, a potpore dobijaju od vlasti i poduzeća AstraZeneca.^[3] GO je primarno na engleskom, slobodna je pristupa i neutralan prema vrstama.

Bilješke

↑ The Gene Ontology Consortium (siječnja 2008). "The Gene Ontology project in 2008". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMC 2238979. PMID 17984083. //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238979/
↑ Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (studenoga 2007). "The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration". Nat. Biotechnol. 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687. //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2814061/
↑ GO: Funding (Arhivirano 25. lipnja 2014.)

Vidi

GoPubMed

Vanjske poveznice

Konzorcij genske ontologije
Projekt bjelančevinske ontologije
SimCT, mrežni alat koji prikazuje odnose između objekata anotiranih u ontologiji
GO2PUB, upit PubMed sa semantičkom ekspanzijom na izraze genske ontologije
EAGLi, MEDLINE-ov terminološki pojačan (ključne riječi Gene Ontology, Swiss-Prot i sl.) pogon za odgovaranje na biomedicinska pitanja biomedical question answering engine for MEDLINE
Pretražnik AmiGO
Biologija semantičkih sustava

[pmid17984083-1] The Gene Ontology Consortium (siječnja 2008). "The Gene Ontology project in 2008". Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D440–4. doi:10.1093/nar/gkm883. PMC 2238979. PMID 17984083. //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2238979/

[pmid17989687-2] Smith B, Ashburner M, Rosse C, Bard J, Bug W, Ceusters W, Goldberg LJ, Eilbeck K, Ireland A, Mungall CJ, Leontis N, Rocca-Serra P, Ruttenberg A, Sansone SA, Scheuermann RH, Shah N, Whetzel PL, Lewis S (studenoga 2007). "The OBO Foundry: coordinated evolution of ontologies to support biomedical data integration". Nat. Biotechnol. 25 (11): 1251–5. doi:10.1038/nbt1346. PMC 2814061. PMID 17989687. //www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2814061/

[3] GO: Funding (Arhivirano 25. lipnja 2014.)

[1]

[2]

[3]